無菌室內應備有工作濃度的常用消毒液，如苯酚酸(堿)溶液，75％的酒精，0.1％的新潔爾滅溶液等等。無菌室的位置一般要求建在人員流動較少的地方，距離普通的辦公環境或者微生物準備室要有一定的距離。無菌室內必須配備相應的緩沖工作間用于擺放專用白大褂或專用衣帽等。
無菌室中的物流窗應避免與空氣產生直接對流，最好不要正對著無菌室大門；空調需有可靠的多重高效過濾除菌系統；所有照明和紫外燈電源總開關應設置于無菌室門口或門外。無菌室整個布局設計應按照人、物分離原則，防止交叉污染。
此外，在人員通道可配備高效風淋室以減少實驗人員帶入的污染。對無菌室和其內部的超凈工作臺、生物安全柜都必須進行定期監測和日常維護，并有監測和維護記錄。日常維護主要包括紫外線燈擦拭、濾網擦洗更換、空氣消毒及全面清潔衛生等川。
無菌室的建材使用控制
用于無菌室建設的所有材料均應符合消防和環保要求，具有耐腐蝕和易清潔的特點。無菌室的內部裝修應整齊、光滑、避免凹凸、所有角落最好設置為球弧體狀以避免灰塵長期堆積難以清掃和消毒。
無菌室的各個通道進出口應采用門縫緊密且打開后能自動閉合的推拉式門，墻壁及吊頂應采用隔熱防火、耐化學腐蝕、耐水分滲透、隔音且易清潔的新型建材以防止塵垢堆積、材料脫落、滋生霉菌、不易清潔等情況的發生。
總體上，無菌室應盡量設計成完全封閉的模式，一般僅靠高效過濾系統與外界進行空氣交換。當前空氣潔凈技術已經發展得比較成熟，在很多學科領域都得到了廣泛的應用，目前很多食品微生物檢測用的無菌室也都已采用比較先進和方便易用的的層流凈化系統裝置，基本上都能保證食品微生物學檢驗過程中無菌狀態、恒溫恒濕、穩定風速風量和空氣潔凈度的要求。
無菌室環境及凈化控制
無菌室無菌環境的質量控制是微生物檢驗獲得準確數據極為重要的環節。食品微生物學檢驗對無菌的環境和無菌操作的要求非常嚴格，整個檢測過程始終要求在無菌狀態下以無菌操作方式進行，所以對無菌狀態的質量控制是微生物檢驗結果準確可靠的保證。操作人員要嚴格定期對無菌室消毒效果進行評價，同時要制定合理的環境監測程序，對環境監測結果進行數據分析，嚴格按照相應國家標準設定的不同工作區域可接受的菌落數量，對出現超標情況的處理要進行文件化控制。
此外，無菌室內的環境情況例如溫度和濕度等可能會影響無菌室內的消毒滅菌效果，通常情況下溫度應控制在22℃左右，相對濕度不超過65％會比較適宜。整個無菌室應采用先進高效層流空氣凈化系統以保證恒溫、恒濕、換氣量和空氣潔凈度的相關要求。空氣凈化系統中的高效過濾膜能對空氣中不同大小規格的塵埃粒子進行有效過濾，防止附著在塵埃粒子上的微生物污染無菌室；采用從頂部送風、下側回風的氣流組織方式既保證了潔凈度，又節約了能源。
同時高效空氣過濾系統通風量能滿足人員的需要，較好解決傳統無菌室不能置換新鮮潔凈空氣、工作環境差等問題。
此外，應定期對無菌室的無菌程度進行監測，可參考醫藥工業潔凈室相關標準對于塵埃粒子、沉降菌、浮游菌等項目的限量對食品微生物無菌室進行定期測試。沉降菌法有最簡單、最直觀，也最能真實地反映物體表面(特別是控制部位)自然污染程度的特點，故也可采用平板計數瓊脂和孟加拉紅瓊脂平板各3塊，等距離置于無菌室工作位置的一條對角線上，開蓋暴露15min，分別在36℃培養48h，28℃培養5d后計數沉降的細菌和霉菌及酵母的菌落數，若平均菌落數超過3CFU/皿，則應當對無菌室空氣和無菌室內的物體表面進行消毒以改善其無菌環境。
